Familia monotípica que incluye un solo género con una especie. Presenta características bastante primitivas; está muy relacionada filogenéticamente con Magnoliaceae, Lauraceae y Monimiaceae, por lo que se ha propuesto incluirla en una nueva familia Atherospermataceae junto a los géneros Laurelia y Laureliopsis.

La familia Gomortegaceae, así como otros elementos laurifolios, son considerados descendientes de linajes tropicales o subtropicales, y serían probablemente remanentes de floras que poblaron el área en el período Paleógeno.

Junto con la familia Lactoridaceae (propia del Archipiélago de Juan Fernández), son las únicas familias endémicas de Chile.

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